膝の痛みは、人間の足のメカニズム上、どうしても起こりやすいもの。
それは、長時間歩く事には適していますが走るという行為には適していないからです。
そのため、お察し通り、筋力トレーニングやサイドスポーツなどで膝周りの筋肉を鍛えたり、負担の少ないフォーム作りを進める必要があるのですね。

走り始めて間もない頃はとくに痛みが出やすいので、1週間に頻繁に休みを
取り入れ、走れない日は自転車や水泳、筋力トレーニンをオススメします。
また、2時間走は負担が大きいので、数日に何回かに分けて練習することが
ベターです。
栄養補給としては、練習後にアミノ酸系のサプリメントは疲労回復を促してくれますので、ぜひ積極的に補うようにしてみてください。

また、ボディケアとして、ランの後のアイシング（患部を氷で20分程度冷やす）や、前後にはしっかりストレッチをすることもオススメします。
膝が痛むから膝周りだけではなく、背中やふくらはぎなど、カラダ全体をほぐすことでバランスを整えることがベターですね。

膝は痛むと走れませんので、痛むのは何より切ないものです。

どうか初期治療が大切ですので、無理をしないで
ケアを念入りにしてみてください。