公式の案内に閉鎖時刻は記載されていたので、ご自身の解釈のようなウェーブごとに時間が追加されるのではなく、スタート時刻に関わらず最終閉鎖の時刻であったことは確認できたと思います。同情はしますが。

申込時点では自分がどのウェーブか分からない状況なので締め切り時間の記載は意味がなく、43分と認識して練習しています。同じくギリギリでタイムアウトになった方々も同じ感想でした。
ウェーブが分かった後に開催概要をよく確認すれば分かったことなのでこちらにも落ち度はありますが、運営側も説明書きが分かりづらかった部分があるため、翌年以降は是正すべき点かと思います。

ええと、ウェーブに関わらず関門の締め切り時刻は変わりませんよね。
それは募集開始前から案内にあるとおり、設定時刻で締め切るのは他の大会でも同じです。
「43分と認識して」いたこと自体が誤りだったということはわかりますか？
もしこれ以上説明書きが分かりづらかったから是正すべき、という話になれば
極端に言えば「午前10時とは書いていなかった」「日本時間とは書いていなかった」「記載は意味がない」「他にも同じ人がいた」「お金を返してほしい」というクレームも通用することになりますね。

私も43分と認識していたことが間違っていたことは落ち度として認めていますが、"43分"と記載した運営側も関門時間を分かりづらくしていると指摘しています。
例えば東京マラソンは関門時間のみ記載し、「スタートから何分」という関門時間は記載していません。
https://www.marathon.tokyo/2021/participants/for_runners/pdf/participation_guide.pdf